Atualmente,um dos principais problemas é o desmatamento ilegal e predatório.Madereiras instalam-se na região para cortar e vender troncos de árvores nobres. Há também fazendeiros que provocam queimadas na floresta para ampliação de áreas de cultivo e pastos.Estes problemas preocupam cientistas e ambientalistas do mundo, pois em pouco tempo, podem provocar um desequilíbrio no ecossistema da região, colocando em risco a floresta.
Outro problema é a biopirataria na floresta amazônica. Cientistas estrangeiros entram na floresta, sem autorização de autoridades brasileiras, para obter amostras de plantas ou espécies animais. Levam estas para seus países, pesquisam e desenvolvem substâncias, registrando patente e depois lucrando com isso. O grande problema é que o Brasil teria que pagar, futuramente, para utilizar substâncias cujas matérias-primas são originárias do nosso território.

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